Cá sống đàn. Bình thường sống ở ven biển và biển, trừ mùa sinh sản cá bố mẹ di cư vào các hạ lưu sông để sinh sản. Cá sống ở tầng mặt. Thức ăn của chúng là động vật nổi, các loài tảo nổi và các chất hữu cơ vụn nát (ăn mùn bã). Cá thành thục sau 1 năm tuổi. Cá mòi cờ sống ở ven biển. Khoảng tháng 3–4 mỗi con đẻ khoảng 4000–6000 trứng, cá nhập thành đàn di cư vào các hạ lưu cá sông Hồng, sông Đà, sông Lô, sông Mã và sông Lam để sinh sản, ban đêm nổi trên mặt nước, ban ngày lặn xuống tầng sâu. Bãi cá đẻ ở ngay giữa dòng chảy. Trứng cá trôi nổi ra đến cửa sông thì nở. Cá con sinh sống ở các vùng cửa sông ven biển, đầm nước lợ.